Медресе построено в 1914-1915 годах на месте бани Кази Калян, от которого сохранилось восьмигранное купольное помещение, на средства последнего узбекского правителя Бухарского эмирата - Сеид Алим-хана. Медресе расположено в южной стороне площади ансамбля Пои-Калян.