Медресе Шердор построено в традициях среднеазиатской средневековой архитектуры. Оно представляет собой прямоугольное в плане здание общей площадью 70х57 метров. Главный фасад выделен мощным входным порталом — пештаком — со стрельчатой аркой, высота которого составляет 31,5 метра. Углы здания по главному фасаду фланкированы минаретами высотой 31 метр, увенчанными сталактитовыми карнизами. Восточные наружные углы медресе выполнены в виде трехчетвертных башен, возведённых в уровень с высотой стен. Просторный вымощенный крупной брусчаткой из чупанатинского сланца четырёхайванный двор медресе размером 30х38 метров окружён по периметру двумя ярусами худжр. Все 48 худжр однокомнатные. В углах двора располагаются аудитории для занятий студентов — дарсханы. По главному фасаду дарсханы перекрыты рубчатыми сфероконическими куполами на высоких барабанах, украшенными бирюзовой плиткой. Правая от главного входа купольная дарсхана со временем была превращена в гурхану[5]. Здесь находится несколько не идентифицированных захоронений. Левая купольная дарсхана выполняла функцию мечети. Интересно архитектурное исполнение боковых айванов: их ниши имеют свод в виде многогранного полукупола.